RDKit:计算不同分子或构象之间的RMSD

一、RDKit简介

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。
RDKit官网http://www.rdkit.org/
RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:http://www.aspirincode.com/2017/11/01/Linux-RDkit-%20install-update/
RMSD计算参考网站:http://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html#rmsd-calculation-between-n-molecules

二、RMSD-RDKit

RMSD,Root Mean Square Deviation;给定一个分子结构的两种或者多种状态,
对结构中所有的粒子的偏移量求平方和再平均,开方,就是RMSD。

对于docking而言,如果有reference ligand(结合配体),计算对接配体的构象与结合配体之间的RMSD值,
对于判断docking准确性很重要。下面提供一个RDKit计算不同构象之间RMSD值的Python脚本。

RDKit-cd

继续阅读全文 »

RDKit toolkit实战三:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

一、RDKit简介

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。
RDKit官网http://www.rdkit.org/
RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:
RDKit iPython Notebook参考网站:https://nbviewer.jupyter.org/gist/madgpap/7673276
参考网站:http://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#generating-similarity-maps-using-fingerprints
RDKit-cd

继续阅读全文 »

RDKit toolkit实战二:Generating Similarity Maps Using Fingerprints

一、RDKit简介

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口。
RDKit官网http://www.rdkit.org/
RDKit的编译安装及Python(2.7)绑定见博文:
RDKit iPython Notebook参考网站:https://nbviewer.jupyter.org/gist/madgpap/7673276
参考网站:http://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#generating-similarity-maps-using-fingerprints
RDKit

继续阅读全文 »

虚拟筛选涉及的小分子数据库

药物设计和虚拟筛选依赖化学信息学和生物信息学中大量的靶点、小分子以及靶点-小分子相互作用星系。
从大量的有机化合物中有效地遴选出可能有候选化合物,避免了对化合物盲目地活性筛选,从而降低了发
现活性先导化合物的人力、时间和财力成本。本文简单介绍一些药物设计和虚拟筛选设计的分子库。

Virtual Screening

继续阅读全文 »

GROMACS运行参数整理(二)

GROMACS运行参数整理(一)

http://www.aspirincode.com/2017/10/24/gmx-para/
http://blog.csdn.net/u012325865/article/details/78324899

GROMACS运行参数整理(二)

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
9.Temperature coupling
tcoupl = ; 指定耦合方法
no ;不使用
berendsen
nose-hoover
v-rescale
nsttcouple = ; 热耦合频率,默认1,表示与nstlist一致
tc_grps = ; 热耦合组
tau_t = ; 热耦合时间常数, ps, -1, 表示不耦合,个数对应组
ref_t = ; 参考温度---恒温值,个数对应组

继续阅读全文 »

GROMACS运行参数整理(一)

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
1.Preprocessing
include = ... ; 指定拓扑结构目录
define = ... ; 预处理控制拓扑文件
-DPOSRES ; 位置限制
-DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水
2.Run control
integrator = ; 指定积分算法
md ; 蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分
steep ; 最陡下降法,用于能量最小化
cg ; 共轭梯度法;用于能量最小化(需要双精度,且需先做steep)
tinit = ; 模拟开始时刻(仅用于md,sd,bd)
dt = ; 积分步长(仅用于md,sd,bd)
nsteps = ;积分或能量最小化步数(-1为无穷大)
init_step = ; 起始步
comm_mode = ; 质心运动控制
Linear ; 限制质心平移
Angular ; 限制质心平移及绕心运动
No ; 无限制
nstcomm = ; 质心移动频率
com_grps = ;组质心设定,默认整个体系

继续阅读全文 »

Linux(CentOS7_64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

一、Pymol简介

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。
软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由
一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。

PyMOL的学习网站:http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page

硬件环境

硬件环境

继续阅读全文 »

Linux(CentOS 7_x64)系统下安装ACPYPE

ACPYPE

ACPYPE,基于Python的工具,使用Antechamber生成化学化合物的拓扑,并提供python与其他应用程序的接口。
将AMBER力场文件转换为GROMACS的拓扑文件。

acpype安装包下载

1
svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpype acpype

acpype安装
复制acpype文件夹至amber安装文件夹下;

1
2
3
su root
cd acpype
ln -s $PWD/acpype.py /usr/local/bin/acpype

运行acpype

1
acpype

acpype