Win10(64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

一、Pymol简介

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。
软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。
软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子
(英文为molecule)结构的软件。
获取Anaconda(Python3.6)和pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl
Anaconda最好去下载清华提供的镜像,网速会很快,安装Anaconda3-4.4.0-Windows-x86_64.exe
Anaconda3-4.4.0-Windows-x86_64.exe下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
pymol-1.8.6.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl 下载地址:http://download.csdn.net/download/u012325865/9885651

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CentOS 7下安装UCSF Chimera

一、Chimera简介

UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序,用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析。
主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象ensemble。
也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。
UCSF Chimera官网: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
Chimera安装包下载:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
Chimera

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GROMACS运行参数之md.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物
官网http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
李老师博客:http://jerkwin.coding.me/GMX/GMXtut-5/#概述
蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件md.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单中文注释。

中文注释仅供参考

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###md.mdp###
title = Protein-ligand complex MD simulation
; Run parameters
integrator = md ; #指定积分算法;md:蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分
nsteps = 500000 ; #积分或能量最小化步数
dt = 0.002 ; #积分步长
; Output control
nstxout = 0 ; #坐标保存到轨迹文件的频率
nstvout = 0 ; #速度保存到轨迹文件的频率
nstenergy = 5000 ; #能量保存到轨迹文件的频率,必须是nstcalcenergy的倍数
nstlog = 5000 ; # log文件更新频率
nstxout-compressed = 5000 ; #
compressed-x-grps = System
energygrps = Protein JZ4 #保存能量的组
; Bond parameters
continuation = yes ; #初试构象不约束,不复位,用于精确的继续计算或重计算
constraint_algorithm = lincs ; #约束算法 lincs :不能用于角度约束
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束
lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1
lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法
nstlist = 10 ; #邻近列表更新频率
rcoulomb = 1.4 ; #短程库伦截断
rvdw = 1.4 ; #短程范德华力截断
; Electrostatics
coulombtype = PME ; #库伦计算方式
pme_order = 4 ; #PME插值,默认4表示3次插值
fourierspacing = 0.16 ; #FFT傅里叶变换格点间距,默认。。。,与PME同时使用
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; #指定热耦合方法
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; #热偶合组
tau_t = 0.1 0.1 ; #热偶合时间常数
ref_t = 300 300 ; #参考温度--恒温值,个数对应组
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ; #指定压力耦合方式 ;Parrinello-Rahman:
pcoupltype = isotropic ; #isotropic:盒子各向同性
tau_p = 2.0 ; #压力耦合时间常数
ref_p = 1.0 ; #参考压力---恒压值,一般为1 bar
compressibility = 4.5e-5 ; #水可压缩性,1 bar300K时为4.5e-5 bar-1
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; #周期性边界条件;xyz:使用周期性边界条件
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; #色散校正
; Velocity generation
gen_vel = no ; #速度生成;no:不生成速度。输入文件没有速度,则为0;

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Linux(CentOS 7_x64位)下Amber16和AmberTools16的安装

Amber简介

AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的,
程序很全,大约包含60多个程序,相互协调工作。现在已经发展到版本17。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子,包括蛋白、核算以及药物小分子。
编译环境
CentOS 7_x64
Intel Xeon E5-2603 v3
GTX1070
enviorment

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