Linux(CentOS 7_x64位)系统下安装RDkit(修正)

一、RDKit简介

RDKit is a collection of cheminformatics and machine-learning software written in C++ and Python.
RDKit官网:http://www.rdkit.org/
前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章,在测试的时候有很多报错,且不支持InChI和Avalon toolkit,
后面使用中经常会报错。现在更新一下新的测试全通过的安装方法。

RDKit

二、安装环境

系 统:CentOS 7.3(64位)
硬件环境:
hardware

三、安装过程

安装boost库

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python2 -m pip install boost #视自己安装命令而定

安装依赖

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yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install make
yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

编译安装

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tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1.tar.gz
mv rdkit-Release_2017_09_1 rdkit
cd opt/rdkit
mkdir build
cd build
cmake -DBOOST_ROOT=/opt/rdkit -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON ..
make -j14
make install
ctest

ctest

配置环境变量

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gedit ~/.bashrc
#RDkit
export RDBASE=/opt/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib
source ~/.bashrc #立即生效

安装后测试

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from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name ='/home/liuwei/' + mol_name + '.jpg'
mol_name = mol_name + '.jpg'
Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)
if __name__ == '__main__':
depict_pic(mol_name = 'test')

RDKit-test

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