GROMACS运行参数整理(二)

GROMACS运行参数整理(一)

http://www.aspirincode.com/2017/10/24/gmx-para/
http://blog.csdn.net/u012325865/article/details/78324899

GROMACS运行参数整理(二)

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
9.Temperature coupling
tcoupl = ; 指定耦合方法
no ;不使用
berendsen
nose-hoover
v-rescale
nsttcouple = ; 热耦合频率,默认1,表示与nstlist一致
tc_grps = ; 热耦合组
tau_t = ; 热耦合时间常数, ps, -1, 表示不耦合,个数对应组
ref_t = ; 参考温度---恒温值,个数对应组

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
10.Pressure coupling
pcoupl = ; 指定压力耦合方式
no ; 不耦合,即固定盒子大小
berendsen
Parrinello-Rahman
pcoupltype = ;
isotropic ; 盒子各向同性
semiisotropic ; x/y 方向同性,z方向不同形;一般用于膜模拟
anisotropic ; 各向异性
surface-tension ;xy平面张力耦合
nstpcouple = ; 压力耦合频率,默认-1,表示与nstlist一致,速度积分是设为1
tau_p = ; 压力耦合时间常数
compressibility = ; 水可压缩性,默认1ps
ref_p = ; 参考压力--恒压值,一般为1 bar
refcoord_scaling = ;
no ; 坐标限制不被修改,默认值
all
com
11.Simulated annealing
annealing = ; 指定每个温度组别的退火算法
no ;不进行模拟退火,仅耦合参考温度值
single ; 单序模拟退火,若模拟时间长于升温后的最后时间,则之后是耦合温度
periodic ; 从最初的温度开始,到最后温度,在整个模拟时间里反复进行
annealing_npoints = ; 退火参考/控制点数,与温度组别值相等,0表示不使用退火
annealing_time = ; 每个温度组别退火时间,若使用周期性退火,则在最后一个值再开始退火,ps,个数与annealing_npoints的值一致
annealing_temp = ; 退火温度组别,个数与个数与annealing_npoints的值一致
12.Velocity generation
gen_vel = ;速度生成
no ; 不生成速度。输入文件没有速度,则为0
yes ; 根据麦克斯韦速度分布函数生成速度,只对md有意义
gen_temp = ; 体系温度,用于麦克斯韦速度分布
gen_seed = ; 初始速度初试随机数,-1表示为进程的ID数
13.Bonds
constraints = ; 键约束
none ; 没有约束,除特意指明外
hbonds ; 氢键约束
all-bonds ; 所有键约束
h-angles ; 所有氢键键长和键角约束
all-angles ;所有键长和键角约束
constraint-algorithm = ; 约束算法
LINCS ; 不能用于角度约束
SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定;不能用于能量最小化
continuation = ;
no ; 初试构象应用约束,并复位,第一次MD
yes ; 初试构象不约束,不复位,用于精确的继续计算或重计算
shake_tol = ; 默认0.0001,SHAKE相对容忍度
lincs_order = ;约束偶合矩阵阶次,用于LINS精度,默认4
lincs_iter = ; 迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1
lincs_warnangle = ; 键最大旋转角度,默认为30
morse = ;
no ; 键为谐波势能
yes ;键为Morse势能
14.Energy group exclusions
energygrp_excl = ;排除一对组之间的非键相互作用,在能量计算等方面应用
15. COM pulling
pull = ;
no ;
umberlla ;
constraint-al;
16.Free energy calculations
free_energy = ;
no ; 仅适用拓扑A
yes ; lambda 插值

推荐文章