GROMACS运行参数整理(一)

Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
1.Preprocessing
include = ... ; 指定拓扑结构目录
define = ... ; 预处理控制拓扑文件
-DPOSRES ; 位置限制
-DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水
2.Run control
integrator = ; 指定积分算法
md ; 蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分
steep ; 最陡下降法,用于能量最小化
cg ; 共轭梯度法;用于能量最小化(需要双精度,且需先做steep)
tinit = ; 模拟开始时刻(仅用于md,sd,bd)
dt = ; 积分步长(仅用于md,sd,bd)
nsteps = ;积分或能量最小化步数(-1为无穷大)
init_step = ; 起始步
comm_mode = ; 质心运动控制
Linear ; 限制质心平移
Angular ; 限制质心平移及绕心运动
No ; 无限制
nstcomm = ; 质心移动频率
com_grps = ;组质心设定,默认整个体系

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
3. Energy minimization
emtol = ; 能量最小化收敛值,用于steep
emstep = ; 初始步长,用于steep
nstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数
4.Output control
nstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率
nstvout = ; 坐速度保存到轨迹文件的频率
nstfout = ; 力保存到轨迹文件的频率
nstlog = ; log文件更新频率
nstcalcenergy = ;能量计算频率
0 ; 从不计算
-1 ; 默认,与nstlist更新频率一致
nstenergy = ; 能量保存到轨迹文件的频率,默认100步,必须是nstcalcenergy的倍数
nstxtcout = ; 坐标保存到xtc轨迹文件的频率,默认100步
xtc_precision = ; xtc文件精度,默认1000
xtc_grps = ; 保存到xtc轨迹文件的组,nstxtcout需大于0
energygrps = ; 保存能量的组
5. Neighbor searching
nstlist = ; 邻近列表更新频率
ns_type = ; 邻近列表搜索算法
grid ; 网络搜索
simple ; 简单搜索
pbc = ; 周期性边界条件periodic boundary conditions
xyz ; 使用周期性边界条件
no ; 没有使用周期性边界条件
xy ;仅在xy方向使用周期性边界条件
periodic_molecules = ; no :分子是有限的
yes :分子是无限的,使用周期性边界条件
rlist = ; 短程邻近列表截断
rlistlong = ; 长程邻近列表截断,需配合双程截断
6.Electrostatics
coulombtype = ; PME;库伦计算方式
rcoulomb = ; 短程库伦截断
7.VdW
VdWtype = ; 范德华力计算方式
Cut-off ;
rvdw = ; 短程范德华力截断
DispCorr = ; 色散校正
no ;不修正
EnerPres ; 使用长程色散校正能量和压力
Ener ;使用长程色散校正能量
8.Ewald
fourierspacing = ; FFT傅里叶变换格点间距,与PME同事使用
pme_order = ; PME插值,默认4表示3次插值

推荐文章