Linux(CentOS7_64位)系统下安装Pymol(1.8.6)

一、Pymol简介

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。
软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由
一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。

PyMOL的学习网站:http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page

硬件环境

硬件环境

安装依赖包

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yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw glew-devel
freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel
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安装过程遇到错误,发现是缺少下面的依赖
yum install msgpack-devel
yum install msgpack

安装依赖

获取安装包

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cd /download
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol

git pymol

编译安装

建立一个脚本文件,把下面的代码放进去,把脚本文件放入pymol文件夹,运行该脚本。
(注意基于python2.7)

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#!/bin/bash -e
prefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules
# If you want to install as root, then split this line up in "build"
# and "install" and run the "install" with "sudo"
python2.7 setup.py build install \
--home=$prefix \
--install-lib=$modules \
--install-scripts=$prefix

biomols.sh

进入 opt/pymol-svn/pymol文件夹

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/opt/pymol-svn/pymol

运行下面的命令,创建连接,命令端输入pymol运行。

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sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

ln -s pymol

运行Pymol 1.8.6

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pymol

Pymol
Pymol

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